Nahe der heutigen Stadt Iraklio war einer der vier Häfen von Knossos. Um den kretischen Stier zu fangen, ging Herakles der Sage nach hier an Land.
Im Jahre 824 eroberten die Araber Kreta und befestigten den Ort, der arabisch Handaq (Graben) genannt wurde. Daraus wurde der griechische Name ''Chándax'' abgeleitet. Nikephoros Phokas eroberte 960 den Ort für das Byzantinische Reich.
Die Venezianer erhielten nach dem 4. Kreuzzug die Insel Kreta im Tausch von dem lombardischen Markgrafen Bonifatius I.. Das Gebiet um Saloniki mehr interessierte mehr. Unter den Venezianern wurde der Ort Candia genannt. Um den Handel mit Eisen, Weizen und Olivenöl auszuweiten, wurde der Hafen in den ersten sechs Jahrzehnten des 14. Jh. ausgebaut.
Von 1669-1913 beherrschten die Osmanen die Insel und die Stadt, die jetzt Kandiye genannt wurde. Sie verlor gegenüber Chania an Bedeutung. 1913 schloss sich Kreta dem griechischen Staat an. Der Ort wurde in Anlehnung an den antiken Namen in Iraklion (heute Iraklio) umbenannt. 1923 kamen innerhalb weniger Tage ca. 20 000 Griechen aus der Gegend von Smyrna (Izmir) nach Iraklio.
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